1. Научно-исследовательский и испытательный центр «Криотрансэнерго» (НИИЦ «Криотрансэнерго», НИИЦ КТЭ НИЧ), включающий в себя лаборатории и группы (дир. И.В. Мартынюк);
3. Научно-исследовательская лаборатория «Электромотор» (НИЛ «Электромотор», НИЛ ЭМ НИЧ) (А.Р. Шайхиев);
4. Научно-исследовательская лаборатория «Тепловизионные измерения» (НИЛ ТИ НИЧ) (рук. О.А. Ворон);
7. Научно-исследовательский центр «Транспортная триботехника» (НИЦ ТТНИЧ) (рук. В.В. Шаповалов);
8. Научно-внедренческий центр «Безопасность транспорта» (НВЦ БТ НИЧ) (нач. В.В. Штанке);
9. Научно-исследовательской центр «Микропроцессорные технологии» (НИЦ МТ НИЧ) (рук. А.Е. Федорчук);
10. Объединенный научно-исследовательский и испытательный центр (ОНИИЦ НИЧ), (нач. Переверзев И.Г., Положение о Центре, сайт Центра), включающий следующие подразделения НИЧ:
10.1. Научно-производственный центр «Охрана труда» (НИЦ ОТ НИЧ), включающий в себя сертификационную лабораторию охраны труда в организациях и испытательную лабораторию (нач. Т.А. Финоченко);
10.3. Научно-исследовательская испытательная лаборатория «Испытание и мониторинг в гражданском и транспортном строительстве» (НИИЛ ИМГТС) (зав. лаб. Васильченко А.А.);
10.4 Научно-исследовательский испытательный центр «Прочность и надежность конструкционных материалов» (нач. Личковаха А.С.);
11. Научно-испытательный центр «Нанотехнологии и трибосистемы» (НИЦ НТ НИЧ), (дир. А.И. Воропаев);
12. Научно-образовательный центр "Информационные и телекоммуникационные технологии" (НОЦ ИТТ НИЧ) (рук. А.Н. Гуда);
13. Научно-образовательный центр «Прикладная математика и информатика» (НОЦ ПМИ НИЧ) (рук. М.А. Бутакова);
14. Научно-образовательный центр «Диагностика объектов инженерной инфраструктуры» (НОЦ ДОИИ НИЧ), (рук. В.А. Явна);
15. Научно-образовательный центр «Транспортные тренажеры» (НОЦ ТТ НИЧ) (рук. В.Л. Шаповалов);
16. Научно-образовательный центр «Нанотехнологии и новые материалы» (НОЦ ННМ НИЧ) (рук. П.Г. Иваночкин);
17. Научно-образовательный центр «Подвижной состав» (НОЦ ПС НИЧ) (рук. А.Д. Петрушин). Положение о НОЦ;
18. Научно-исследовательский центр «Комплексная безопасность объектов транспорта» (НИЦ КБОТ НИЧ) (рук. Хрусталев А.В.);
19. Научно-образовательный центр «Комплексные проблемы экономики, управления и права» (НОЦ КПУЭП НИЧ) (рук. Скорев М.М.);
20. Научно-образовательный центр «Строительные материалы и технологии» (НОЦ СМТ НИЧ) (рук. А.А. Ревякин);
21. Научно-образовательный центр «Вагоны» (HОЦ «Вагоны» НИЧ) (рук. О.А. Ворон);
22. Научно-образовательный центр «Интеллектуальные системы организационного управления (НОЦ ИСОУ НИЧ) (рук. М.В. Колесников);
23. Научно-образовательный центр «Высокоскоростной транспорт на магнитном подвесе» (рук. В.А. Соломин);
24. Научно-образовательный центр «История Отечества и философия» (НОЦ ИОФ НИЧ) (рук. В.Г. Тахтамышев);
25. Научно-образовательный центр «Педагогика и психология» (НОЦ ПиП НИЧ) (рук. Т.Е. Исаева);
26. Научно-образовательный центр «Управление социально-политическими системами, коммуникационными процессами и человеческими ресурсами» (НОЦ УСПС НИЧ) (рук. В. А. Осипов);
27. Научно-образовательный центр «Ресурсосберегающие технологии» (НОЦ РТ) (рук. В.Н. Носков);
28. Научно-образовательный центр «Аналитика и консалтинг: право, финансы, управление» (рук. проф. Федоров А.В.);
29.Межвузовский научно-образовательный центр управления транспортными системами (МНОЦУТС) (рук. Акперов И.Г.).
31.Научно-образовательный центр "Транспортное строительство" (НОЦ ТС НИЧ) (рук. Ревякин А.А.)
32. Научно-исследовательский центр "Трибология и инженерия поверхности" (НИЦ ТИП НИЧ) (рук. Новиков Е.С.)
33. Испытательная лаборатория смазочных материалов (ИЛ СМ НИЦ НТ), (зав. лаб. Е.С. Новиков);
а также на кафедрах университета.